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根据《财政部 交通运输部 税务总局关于海南自由贸易港国际运输船舶有关增值税政策的通知》(财税〔2020〕41号)规定,运输企业不再符合该《通知》退税条件的,应向交通运输部门办理业务变更,并在条件变更次月纳税申报期内向主管税务机关办理补缴已退税款手续。应补缴增值税额=购进船舶的增值税专用发票注明的税额×(净值÷原值)。
净值=原值-累计折旧。
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本通知自2020年10月1日起执行至2024年12月31日。适用政策的具体时间以《船舶所有权登记证书》的签发日期为准。
根据《国家税务总局关于发布《国际运输船舶增值税退税管理办法》的公告》(国家税务总局公告2020年第18号 )第十一条:“运输企业购进船舶取得的增值税专用发票,已用于进项税额抵扣的,不得申报船舶退税;已用于船舶退税的,不得用于进项税额抵扣。”