自然人将资金借给公司使用，签订了借款合同，并按照年息4.35%支付利息，该自然人到当地税务机关代开了增值税普通发票，缴纳了增值税、城建税以及教育费附加。请问公司按照“股息、红利、利息”所得代扣个人所得税时，计税基数能否以不含增值税收入扣除缴纳的城建税以及教育费附加的余额计算？