该旅客在北京购买的蚕丝睡衣可以在上海办理离境退税。按照离境退税政策,境外旅客在全国任意退税商店购物后,从已实施离境退税政策的任意地区离境口岸离境,只要符合退税申请条件的,均可办理离境退税。在本例中,北京、上海均为已实施离境退税政策的地区。因此,该旅客离境时,其在北京购买的蚕丝睡衣,可以在上海离境口岸办理离境退税。