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上游免税下游还能抵扣进项税额的三种情形

一、向农业生产者购进农产品

根据《增值税暂行条例》规定，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。

购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%（现为9％）的扣除率计算的进项税额，准予从销项税额中抵扣（国务院另有规定的除外）。进项税额计算公式为：进项税额=买价×扣除率
    因此，一般纳税人从农业生产者手中购进免税农产品可以按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和9％的扣除率计算抵扣进项税额。

二、向从事公共交通运输服务纳税人处购进旅客运输服务  

《财政部 税务总局关于促进服务业领域困难行业纾困发展有关增值税政策的公告》（财政部 税务总局公告2022年第11号）规定，自2022年1月1日至2022年12月31日，对纳税人提供公共交通运输服务取得的收入，免征增值税。《营业税改征增值税试点有关事项的规定》规定，公共交通运输服务，包括轮客渡、公交客运、地铁、城市轻轨、出租车、长途客运、班车。

《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(2019年第39号)规定，纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。纳税人取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照下列公式计算进项税额：公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷(1+3%)×3%
    因此，上游提供轮客渡、长途客运等公共交通运输服务享受免税，下游取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票仍然可以计算抵扣进项税额。
    注意：取得税率或征收率栏次填写“免税”字样的旅客运输电子普通发票，不可以抵扣进项税额。

    三、从粮食收储企业购进粮食、大豆、食用植物油    

 （一）从粮食收储企业购进粮食、大豆

根据《财政部 国家税务总局关于粮食企业增值税征免问题的通知》（财税字[1999]198号）及《财政部 国家税务总局关于免征储备大豆增值税政策的通知》（财税[2014]38号）规定，对承担粮食收储任务的国有粮食购销企业销售的粮食、大豆，免征增值税，并可对免税业务开具增值税专用发票。

《国家税务总局关于国有粮食购销企业开具粮食销售发票有关问题的通知》（国税明电[1999]10号）规定，国有粮食购销企业开具增值税专用发票时，应当比照非免税货物开具增值税专用发票，企业记账销售额为“价税合计”数。 

因此，承担粮食收储任务的国有粮食购销企业销售的粮食、大豆虽然免税，但是可以比照非免税货物开具增值税专用发票，下游企业自然可以抵扣进项税额。

   （二）从食用油承储企业购进政府储备食用植物油

根据《财政部 国家税务总局关于粮食企业增值税征免问题的通知》（财税字〔1999〕198号）及《国家税务总局关于政府储备食用植物油销售业务开具增值税专用发票问题的通知》（国税函[2002]531号）规定，中国储备粮总公司及各分公司所属的政府储备食用植物油承储企业，按照国家指令计划销售的政府储备食用植物油，免征增值税，允许其开具增值税专用发票。

因此，中国储备粮总公司及各分公司所属的政府储备食用植物油承储企业，销售植物油虽然免税，同样可以比照非免税货物开具增值税专用发票，下游企业凭票抵扣进项税额。